En 1936 se iniciaron los estudios de factibilidad y los estudios de prospección geológica determinaron que el área de San Rafael del Sur, departamento de Managua, era  el  sitio  apropiado  por  sus  yacimientos  de  calizas y margas calcáreas. En mayo de 1940 se firmó la escritura social de la Compañía Nacional Productora de Cemento (CANAL) con un capital de US $ 120,000. El presidente de la junta directiva fue Somoza García.

El Congreso Nacional aprobó en 1940 un Contrato-Concesión que servía para el fomento al sector industrial donde se concedía libres de introducción de maquinarias, uso gratuito de terrenos nacionales, fuentes de agua y exención de impuestos.

F.L. Smith fue la compañía seleccionada para el diseño de planta y el suministro e instalación de maquinaria, la cual fue recibida en Corinto en 1941. También estuvo encargada del entrenamiento del personal.

Los años 1942-1943 vieron una producción muy baja de cemento debido a la dificultad en la adquisición de repuestos, camiones, carburantes, grasas y lubricantes causado por la Segunda Guerra Mundial. No fue hasta 1949 que la Cementera produjo distribución de dividendos entre accionistas.

En 1952 se superó la capacidad del horno 1 de 408,000 sacos de cemento al año, por lo que en 1954 se instaló el horno 2. Al mismo tiempo se incrementó la autogeneración de electricidad de 750 a 1650 HP. El resultado fue un aumento en la producción de clínker del 182%, alcanzando 1.2 millones de sacos al año. Con esto pudo satisfacerse la demanda nacional.

El desarrollo del país en varios sectores incrementó la demanda aún más. A finales de 1960 F.L. Smith instaló el tercer horno con una capacidad de 160 toneladas por día de clínker y una producción total en planta de 2.4 millones de sacos de cemento anuales. En estos años se construyó la balsa número tres y se instaló completa y mecanizadamente el almacén de materia prima.

En 1968 se instaló el horno 4 con capacidad para 320 toneladas por día de clínker, lo que significó que la empresa tenía la capacidad de producir 645 toneladas de clínker por día. El quinto horno fue instalado en 1973 con una capacidad de 320 toneladas de clínker diarios. La planta entonces tenía capacidad para producir 965 toneladas de clínker por día o 315,000 toneladas de cemento al año.

En 1979 todo el personal deja de ser extranjero y las 810,000 acciones de los Somoza pasan al estado mediante la ley de confiscación. En 1987 se alcanzó una cifra récord de 295,000 toneladas de cemento anual cuando se construyeron el Ingenio Victoria de Julio y el Aeropuerto Punta Huete, entre otras cosas. Sin embargo la maquinaria no recibió el mantenimiento adecuado en la década de los 80 debido al bloqueo económico. Fue hasta 1989 cuando a través de DANIDA por sus siglas en inglés (Agencia Danesa de Cooperación Internacional para el Desarrollo) que se invirtieron US $ 3 millones y medio. La producción de cemento decreció a finales de los 80 y principios de los 90 por la incertidumbre política. Pero ya para 1997 la producción alcanzó 373,000 toneladas de cemento.

La planta de San Rafael del Sur, es la única planta en Nicaragua que tiene todo el proceso completo de producción de cemento.

CEMEX, el tercer productor de cemento más grande del mundo, vio el gran potencial para esta industria en Nicaragua por el despegue económico que prometía el país. Comenzó negociaciones con el gobierno de Nicaragua en el 2000, quien tenía intenciones de arrendar la planta San Rafael. CEMEX resultó ser la ganadora del contrato de arrendamiento por 25 años y comenzó operaciones en enero del 2001.

La presencia de CEMEX en Nicaragua ha revolucionado la industria cementera nacional. Por primera vez se instaló en la planta de San Rafael del Sur, un sistema de filtrado para los gases de los hornos, poniéndole fin a mas de 60 años de problemas por emisiones de polvo. Se ha aumentado considerablemente la capacidad de los hornos.

Además ha optimizado la explotación de las minas de caliza, introduciendo métodos más amigables con el medio ambiente.

Igualmente CEMEX ha sustituido parte de sus combustibles tradicionales por materiales que son desechos de otras industrias, evitando así la contaminación ambiental. La seguridad industrial, la higiene y el bienestar de los trabajadores han sido prioridad. Se dotó al personal de equipos de protección, se introdujeron prácticas seguras y se eliminaron condiciones inseguras reduciendo los accidentes laborales de ochenta y tres en el 2000 a cuatro en el 2002, y se mantienen los esfuerzos para cumplir con la meta global de CEMEX de cero accidentes. También se rehabilitó un centro de capacitación, un comedor, y una clínica médica para el servicio de los trabajadores. Todos estos esfuerzos y transformaciones han recibido reconocimientos por parte de autoridades nacionales como por ejemplo Empresa Líder en Seguridad, Higiene y Salud del Trabajo por parte del Ministerio del Trabajo y el Premio Semper Virens categoría Caoba, máximo galardón ecológico a una empresa que otorga el gobierno.